启东市水产加工业商会成立于 2003年9月，商会现有会员企业73个。第一届水产加工业商会选举产生执委18名，其中会长1名，副会长8名，秘书长1名，一般执委8名
　　 目前，启东市有水产品加工企业158家，2003年水产品加工总量4.25万吨，水产品加工业产值4.8亿元，产品销售收入3.97亿元，利税总额完成2100万元。水产品加工三资企业自营出口创汇598万美元，转口岸贸易创汇4380万元，完成工业增加值1.7亿元，技改投入实物工作量3400万元。
　 　启东的水产品加工业主要有以下特点：一是传统优势品种效益明显。启东的紫菜一次加工流水线达47条，投产42条，2003年生产干菜75600箱，计962吨，产值5100万元；二次加工流水线13条，投产11条，生产各种烤菜及调味紫菜34100箱，计484吨.产值4900万元。另外，文蛤、低值鱼、泥螺等海产品的加工都较以往有了长足的发展；二是新产品开发成效显著。南通龙生水产制品有限公司利用加工鱼糜的鱼头、洗鱼水等原料研制成功开发了用于医药类、食品类、饲料类的高科技产品蛋白胨.去年生产60吨，生产鱼糜314吨，产值500万元。启东海杰水产品有限公司在原有加工小包装贝类产品的基础上，又开发了小包装蛏肉、四角蛤肉等新产品，进入上海、南京等城市的超市受到消费者的欢迎，三是水产品精深加工前景广阔。海洋生物等海产品深度开发正在起步。南通双林生物制品有限公司研制开发出的甲壳素，进而开发出被誉为“生命第六要素”的几丁聚糖新产品畅销国内市场。