复旦大学附属儿科医院启东分院（启东市妇幼保健院）为三级妇幼专科医院，是南通市首家、省内单体规模最大的县级妇幼保健院，以妇女儿童为主要服务对象，集“医、教、研、防、管”于一体。

该院规划设置床位500张，设置妇科、产科、儿科、儿外科、妇女保健科、孕产妇保健科、儿童保健科、计划生育科、内科、外科、影像、病理等19个一级临床医技科室。8月3日起，该院将率先启用婚姻登记、婚前检查、孕前检查一站式服务、幼师体检、两癌筛查、出生医学证明办理、儿童保健等部分功能；于8月10日起开放儿童与成人预防接种等服务项目。